La ville est située à quarante mètres au-dessus du niveau de la mer sur une plate-forme de calcite du Crétacé, son bord oriental criblé de grottes marines invisibles depuis le centre historique. Ce n'est qu'en partant du Porto di San Vito — le port actif partagé avec la ville voisine de Monopoli — que les visiteurs peuvent accéder au réseau de grottes qui définit cette étendue du littoral des Pouilles.
La géologie raconte l'histoire plus profonde. Au cours de la dernière période interglaciaire, des niveaux de mer plus élevés ont creusé des galeries horizontales dans les strates les plus tendres, créant des chambres désormais illuminées par la lumière réfléchie pendant la matinée. La Grotta Palazzese, la plus célèbre de ces formations, a été adaptée au XVIIIe siècle en salle à manger pour le marquis de Petrucci ; aujourd'hui, elle fonctionne comme un restaurant saisonnier, mais son architecture naturelle — une voûte de trente mètres ouverte sur la mer — précède l'intervention humaine de dizaines de milliers d'années. Cala Porto et Lama Monachile encadrent le profil sud de la ville, leurs eaux turquoise peu profondes contrastant avec le bleu cobalt profond de la mer ouverte au-delà du promontoire.
Les excursions en bateau commerciales de Monopoli à Polignano ont vu le jour au début des années 2000, alors que les agritourismes se diversifiaient dans le tourisme côtier. L'itinéraire suit le rivage rocheux vers le sud-est, longeant des terrasses agricoles plantées d'amandiers et d'oliviers avant que les falaises ne s'élèvent véritablement. La plupart des opérateurs utilisent des bateaux gozzo traditionnels — des embarcations en bois à fond plat construites à l'origine pour la pêche côtière — désormais réaménagées avec des auvents et des sièges en banc. Les départs se concentrent entre neuf et onze heures du matin, lorsque les vents côtiers restent légers et que l'angle bas du soleil pénètre à l'intérieur des grottes sans éblouissement agressif.
La durée de l'excursion varie de quatre-vingt-dix minutes à trois heures selon l'itinéraire de l'opérateur. Les visites plus longues incluent un arrêt apéritif — prosecco et taralli servis au mouillage dans une crique abritée — tandis que les circuits plus courts se concentrent uniquement sur la séquence des grottes. La navigation à l'intérieur des plus grandes grottes n'est possible que par temps calme ; une hauteur de vagues supérieure à un demi-mètre force généralement les capitaines à observer les formations depuis l'extérieur du seuil. Août et début septembre connaissent le plus grand nombre de visiteurs, bien que les mois intermédiaires de mai et juin offrent des conditions maritimes équivalentes avec moins de bateaux simultanés. La température de l'eau atteint vingt-six degrés Celsius à la fin de l'été, assez chaude pour les arrêts baignade là où la profondeur et le courant le permettent.
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